2014年5月,雅盖隆大学热烈庆祝建校650周年校庆。5月10日在瓦维尔皇宫主教堂由红衣主教Stanisław Dziwisz(斯坦尼斯瓦夫·基维什)主持举办了庆典弥撒。随后雅盖隆大学教授及学生代表进行庆典游行活动,由皇宫步行至雅盖隆大学最大的现代化大礼堂参加隆重的650周年校庆大学议会会议。来自国内外的众多贵宾参加了此次大学议会会议。其中,雅盖隆大学校长Wojciek Nowak(沃依切赫·诺瓦克)教授、波兰总统Bronisław Komorowski科莫罗夫斯基,教育部部长Lena Kolarska-Bobińska教授等发表了重要讲话。作为国际代表Stephen C. Dunnet也进行了发言。欧盟委员会主席Durão Barroso巴罗佐先生被授予大学荣誉奖章,雅盖隆大学Robert Huber教授和Witold Kiezun教授被授予大学荣誉博士。雅盖隆大学校长接受了对大学颁发的小波兰省特别贡献荣誉金牌。
奥斯卡最佳电影音乐获奖者Jan A.P. Kaczmarek为此次校庆活动特别创作的题为《Universa》开放式歌剧也是此次校庆活动的一大亮点。该歌剧创作灵感来源于自由七艺(文法、修辞、逻辑学、算数、几何、天文及音乐),该剧主人公为雅德维加女王,哥白尼及爱因斯坦。
多次科学研讨会的举办,如四个大学联盟代表所参加的会议以及小波兰省生物技术研究中心的成立典礼都是此次大型校庆活动的一部分。除此之外,克拉科夫市还举办了多场为雅盖隆大学650年校庆献礼的展览及音乐会等。
雅盖隆大学学生也是此次校庆活动中最重要的一个组成部分。除了举办各类展现雅盖隆大学学生历史及文化的展览(如"献礼雅盖隆大学650周年涂鸦墙"及"历史长河中的雅盖隆大学学生"展览)外,还开展了多次学生代表座谈会(如波兰学生议会,欧洲学生网络联盟等)。"赞美之夜"大型晚会也为此次校庆活动锦上添花,并在晚会上为对学生帮助最大的机构和个人颁奖。